Deportivo Cuenca ha realizado varios movimientos en su plantilla de cara a la temporada 2025 de la LigaPro. A continuación, se detallan las altas y bajas confirmadas hasta la fecha.
| Altas | Bajas |
|---|---|
| Richard Calderón – ECU | Nicolás Dávila – ECU |
| Eugenio Raggio – ARG | Danny Luna – ECU |
| Brian Bustos – ARG | Nazareno Romero – ARG |
| Luis Gustavino – ECU | Bryan Corozo – ECU |
| Alejandro Tobar – ECU | Vilington Branda – ECU |
| Agustín Gómez – ARG | Francisco Mera – ECU |
| Ignacio Bailone – ARG | Ronny Biojó – ECU |
| Bryan Nazareno – ECU | Bruno Duarte – ARG |
| Mathias Solís – ECU | Hamilton Piedra – ECU |
| Mayer Méndez – ECU | |
| Raúl Becerra – ARG | |
| Pablo Magnin – ARG |