El Manta FC nació el 27 de julio de 1998 con el objetivo de revivir la tradición futbolística de Manta, anteriormente representada por el Manta Sport Club. Debutó en 1999 en la Segunda Categoría de Manabí, logrando su primer ascenso a la Serie A en 2008, año en el que también obtuvo su único título de la Serie B.